Zdravá střevní mikroflóra není prospěšná jen trávení, ale je nutná k celkovému zdraví. Novorozenecká mikroflóra je ovlivněná jak typem porodu (přirozený vs. císařský řez), tak i typem výživy. Ke stabilizaci mikroflóry dochází u dítěte kolem 2.‒3. roku.
V jedné ze studií autoři sledovali rozdíly ve střevní mikroflóře dětí kojených a krmených umělou výživou. Vyhodnocovaly se vzorky stolice od 60 kojenců ve věku 0‒8 měsíců. Ukázalo se, že děti mají skutečně dost odlišnou mikroflóru. Střevní bakterie dětí kojených dokázaly produkovat aminokyseliny jako methionin, isoleucin, leucin, valin, cystein, serin, threonin a arginin. Střevní bakterie dětí na umělém mléce produkovaly nižší množství methioninu a cysteinu, ale produkovaly histidin a tryptofan. Jedná se tedy o rozdílnou sadu střevních bakterií. Sacharidy a oligosacharidy přirozeně se vyskytující v mateřském mléce podporují množení potřebných bifidobakterií. To umí i umělé výživy, které je však nutné o oligosacharidy obohatit, pokud nejsou do umělého mléka přidány, snižuje se počet bifidobakterií. Nejvýraznější změny, nikoli k lepšímu, ve střevní mikroflóře byly u dětí krmených sojovým mlékem. Celkově byla střevní mikroflóra kojených dětí více nastavena k produkci látek, včetně vitamínů, které jsou potřebné pro správný vývoj dítěte.
Umělá výživa se snaží mateřskému mléku přiblížit co nejvíce, zatím ale má ale stále co dohánět.